Le programme de marquage de la CCAMLR est géré par le secrétariat, qui fournit des protocoles normalisés et du matériel de marquage aux navires de pêche participant au programme. Cette normalisation constitue l'un des éléments clés du système de marquage, car la CCAMLR se sert des taux de marquage et de recapture fondés sur les pêches pour estimer l'abondance des légines.

Le secrétariat reçoit et stocke des données sur tous les poissons marqués et leur recapture ultérieure. Chaque recapture de poisson marqué est reliée à la pose de la marque afin de vérifier les données utilisées dans les estimations de population, ainsi que pour examiner les taux de déplacement et la croissance des poissons.

La CCAMLR utilise une méthode de capture-recapture pour estimer l'abondance des légines. Les navires sont tenus de marquer et de relâcher des poissons au cours de leurs opérations de pêche normales et de déclarer toutes les recaptures de poissons marqués. L'abondance des poissons peut alors être estimée, sur l’hypothèse que la proportion de poissons marqués dans l'ensemble de la population sera égale à la proportion de poissons marqués enregistrés dans les captures. La population peut ensuite être estimée en utilisant le total des captures, le nombre de poissons marqués et le nombre de recaptures. Les exigences du programme de marquage sont décrites en détail dans la mesure de conservation 41-01, et ses résultats, notamment l'utilisation des données et les améliorations pouvant y être apportées, sont largement discutés par le WG-FSA.

Bien que le marquage des raies dans les pêcheries de la CCAMLR ne soit pas obligatoire, si ces espèces sont marquées, ce marquage doit être conforme aux protocoles de la CCAMLR sur le marquage des légines et des raies.

Les Informations sur les commandes d'équipement destiné au programme de marquage de la CCAMLR décrivent les procédures à suivre pour obtenir du matériel de marquage auprès du secrétariat de la CCAMLR.